Основными принципами эпидемиологического надзора за зоонозами являются:
1) комплексный (медико-ветеринарный подход) к организации эпиднадзора;
2) учет эпизоотологической и эпидемиологической специфики каждой нозологической формы, взятой под наблюдение;
3) учет краевых особенностей населения, животноводства и территории, на которой осуществляется надзор;
4) системный и динамичный сбор, анализ и оценка как эпизоотологической, так и эпидемиологической информации;
5) обмен информацией между медицинской, ветеринарной и другими заинтересованными службами.
Эпиднадзор является основой для координации деятельности санитарно-эпидемиологической, ветеринарной и других заинтересованных служб и ведомств в целях рационализации планирования и осуществления мероприятий по управлению эпизоотическим и эпидемическим процессами в отношении каждой конкретной инфекции.
Эпидемиологический надзор при зоонозах (как вообще при инфекционных болезнях) осуществляется в результате и на основе разработки специальной программы для конкретной инфекции по данной территории и в данное время.
Программа эпиднадзора должна учитывать функции всех уровней управления санитарно-эпидемиологической, ветеринарной недругих заинтересованных служб и ведомств страны (районный, властной, республиканский, а также союзный). В эпидемиологическом надзоре можно выделить два основных структурных компонента: оперативное слежение за заболеваемостью и углубленное эпидемиологическое наблюдение за эпидемическим процессом, который развивается на основе эпизоотического процесса.